Het verwijderen van een moedervlek kan via een aantal manieren. De gouden standaard is het operatief verwijderen oftewel excisie. Deze behandeling heeft als voordeel dat de moedervlek in een laboratorium onderzocht kan worden op de aanwezigheid van kwaadaardige cellen. Het nadeel is dat het ontstane wondje altijd gehecht dient te worden en er een (kleine) kans bestaat op het krijgen van een litteken. Is de moedervlek op het oog niet kwaadaardig en zijn er geen verdachte kenmerken dan is gefractioneerde CO2 laserbehandeling een uitstekende optie. Ook een shave-excisie is mogelijk. Hierbij wordt de moedervlek afgeschaafd waarbij het ontstane wondje licht wordt dichtgebrand of aangestipt met een bloedstollend middel. Zowel bij een shave-excisie als een laserbehandeling hoeft er niet gehecht te worden en zijn de resultaten cosmetisch beter dan een excisie. Andere methoden zijn het dichtbranden (coagulatie), het wegschrapen (coagulatie) en het aanstippen met vloeibare stikstof. Bij deze laatste behandelvormen bestaat er meer kans op littekenvorming, onvolledige verwijdering en een snelle terugkeer van de moedervlek. Om deze redenen zijn ze in de praktijk minder populair.
